Specyficzną grupę aplikacji internetowych stanowią te do obsługi sklepów internetowych jak i same sklepy internetowe. Aplikacje te są bardzo rozbudowane w różnego rodzaju rzeczy przydatne sprzedającemu dlatego też projektowanie aplikacji internetowych sklepów wydaje się być jednym z najtrudniejszych. Podczas wykonywania takiego zlecenia możemy podpierać się na istniejących już sklepach, jednak jeżeli chcemy zrobić coś naprawdę dobrego, powinniśmy stworzyć coś całkowicie swojego, a jedynie rozwiązania jakie powinny się znaleźć podpatrzeć od istniejących.
Na pewno muszą się tutaj znaleźć rozwiązania sprzedażowe, które ułatwią życie sprzedającemu czyli wszelkiego rodzaju magazyny towarów, koszty ponoszone z transportem, obliczanie kwot podatku, czy w końcu wszelkie statystyki sprzedażowe jakie możemy sobie wymyślić.
Wszystko to wpływa na jakość wykonanej aplikacji internetowej, jak również na późniejsze zainteresowanie nią przez osoby, które korzystają ze sklepów internetowych. Ogólnie rzecz ujmując sklepy internetowe, mają jedne z najbardziej rozbudowanych aplikacji internetowych.